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嗣民國94年間內政部警政署鑒於婦幼案件漸受到社會大眾、媒體及國際關注，暨為提升重大婦幼案件之破案率與被害人滿意度，特訂頒「推動婦幼警察隊偵辦重大婦幼案件執行計畫」，函命各縣市警察局將所屬女子警察隊更名為「婦幼警察隊」，成立專責組偵辦是類案件。本隊爰於同年7月1日更名「高雄市政府警察局婦幼警察隊」，並依據新訂之組織規程及編制表，設第一、第二組組長、警務員等中階幹部及人事管理員、會計員，並置刑事分隊長、小隊長、偵查佐等刑事人員，共計60人，以因應各項勤、業務推展。
民國99年12月25日高雄縣、市合併機關改制，本隊人員編制增為83人，第一、二組更名為行政組、偵防組。民國103年復因應政府組織改造，明定本隊下設勤務分隊，勤務分隊下設小隊，執行警政婦幼安全工作事項。
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